微生物制劑是由多種微生物復合而成的制劑，其存在的基礎是多種微生物之間互惠互利關系，益生菌進入水體和腸道后，與正常菌群顯現出棲生、偏生、共生、競爭或吞噬等復雜關系，從而對宿主產生營養、免疫、刺激生長及生物拮抗等生物作用，來保持腸道微生態平衡，提高水生動物生產性能，預防疾病發生。

一、微生態平衡

水生動物體內存在一種或數種優勢種群，形成一種動態的微生態平衡，這種平衡會由于病原體侵入，環境因素發生變化等原因而被破壞，一旦超過宿主動物的適應能力，就會使動物免疫力下降，導致營養和生長障礙及疾病發生。這時補給適當的有益微生物，使有益菌在數量和作用強度上占有絕對優勢，搶占點位形成生物保護屏障。有益菌群繁殖代謝會抑制致病菌生長繁殖，從而保持菌群正常平衡，修復微生態環境，讓水生動物恢復健康狀態。因為水生動物腸道中優勢種群是厭氧菌，而微生物制劑主要成分就是優勢種群菌株，其作用就是在于恢復或補充優勢種群，使失調的微生態達到新的平衡。即使有部分好氧微生物制劑如芽孢桿菌進入水生動物腸道內在生長繁殖中會消耗腸內游離氧，造成厭氧環境，也會促進正常厭氧菌生長繁殖，恢復菌群平衡。

二、改善體內外生態環境

水產上使用的微生物制劑幾乎均有調節水質改善生態環境之功能，光合細菌具有獨特的光合作用功能，能直接消耗利用水中有機物氨態氮，還可利用硫化氫并通過反硝化作用去除水中亞硝態氮從而改善水質。益生菌進入水體后，可以參加水體物質循環，把有機物降解為硝酸鹽、磷酸鹽和二氧化碳等，為單細胞藻類提供營養，而單細胞的光合作用又為有機物的氧化分解及微生物和水生動物的呼吸提供溶氧，構成一個良好循環。

三、生物奪氧及競爭性排斥

多數病原菌微生物屬于需氧菌或兼性厭氧菌，一旦微生物失調，局部氧分子升高，病原菌繁殖加快，使用微生物制劑可以降低局部氧濃度，抑制病原微生物生長，恢復生態平衡。

四、預防疾病作用

有的益生菌通過競爭宿主作用調節菌群結構，包括粘附占位，營養能源爭奪，如乳酸桿菌可粘附宿主腸道，競爭生長環境和營養成分，從而抑制病原菌生長。有的益生菌在生長過程中產生抑菌物質，如乳酸菌產生乳酸、乳酸菌素、過氧化氫等可拮抗、抑制、殺死病原微生物。乳酸桿菌、芽孢桿菌可產生細菌素和有機酸等物質，其作用類似抗生素，對病原菌有生物拮抗作用。芽孢桿菌在代謝過程中產生有機酸及能量營養物質也會降低局部pH抑制有害菌生長和繁殖。

五、刺激免疫系統，增強機體免疫力

微生物制劑在增強免疫力主要體現在內服上，生態養殖六定模式中之所以把定期內服放在第一，就是這個道理，微生物制劑作為飼料添加劑或拌料內服都是良好的免疫激活劑，能有效提高巨噬細胞活性，增強機體免疫力，并可改善水生動物血液成分及其流動性，提高抗逆能力，還有的益生菌如復合菌Em能增強酶的活性，促進腸蠕動，維持黏膜結構完整，利于消化吸收，激活免疫系統，防止有毒物質積累，從而保證微生態正常運轉。

六、促生長作用

    微生物制劑具有促生長作用，其菌體本身含有大量營養物質，在代謝過程中可產生動物生長所需的維生素、有機酸、蛋白質等未知生長因子。如芽孢桿菌在腸道內生長繁殖可產生多種營養物質，如維生素、氨基酸、有機酸等參與機體新陳代謝，為機體提供營養物質。地衣芽孢桿菌可產生蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、葡聚糖酸、纖維素等，可裂解植物細胞壁，進而提高飼料消化吸收率。酵母菌可產生纖維酶、植物酶可提高水生動物對纖維素的利用，促進磷的消化吸收，減少對環境的污染，預防和減少甲殼類軟殼病的發生。

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